Do topo da Megacidade S1-9, o Soberano Khan governa a punhos de ferro e carne.
Sob as fundações apodrecidas da cidade, um guerreiro vingativo embarca em uma jornada para assassiná-lo. Ambientado cinco anos antes dos eventos de Slave Zero, em Slave Zero X você voltará a um mundo onde horrendas máquinas vivas, conhecidas como Escravas, recebem treinamento para se tornarem as mais avançadas ferramentas bélicas da longa e sangrenta história da humanidade.
Um bando secreto de guerreiros, conhecidos como Guardiões, espera impedir que esses biomechas sejam lançados no mundo, mas um de seus espadachins tem outra ideia: usar a própria arma do inimigo contra ele. Ao se fundir com um Protótipo de Unidade Escrava roubado, Shou virará um Diabo furioso em busca da morte de um falso Deus.